Zur Wahl geeigneter Medikamente für den Einzelfall gibt es selbstverständlich keine feste Vorlage. Hier sollen lediglich anhand einer Auswahl wichtige Grundlagen vermittelt werden.

-So viel wie nötig, so wenig wie möglich- gilt beim Verordnen von Medikamenten stets als Grundsatz, da topische Augenmedikamente, ebenso wie andere, nicht benigne auf das Gewebe wirken. Auch an Aufbewahrungs- und Verbrauchsvorgaben wie beispielsweise Kühlung oder Haltbarkeit sollte man sich halten, um durch das Medikament nicht sekundär Erreger in das Auge einzubringen oder Wirksamkeit einzubüßen. ⁵⁰ Dabei spielt es eine Rolle, während der Applikation topischer Substanzen niemals direkt den Patienten mit der Salbentube oder Pipette zu berühren.  Ebenso wichtig ist das Entfernen von Epiphora aus dem Konjunktivalsack vor der Applikation von topischen Medikamenten. ⁹³

Je nach der Zielstruktur, die man am oder auch im Auge mit einem Medikament erreichen möchte, muss man wissen, ob dieses in der verabreichten Form dorthin gelangen kann. Der Penetration in das Augeninnere stehen zwei Barrieren entgegen: die Kornea und die Blut-Augen-Schranke. ⁵⁰

Die Kornea (LINK Anatomie) besteht aus zwei lipophilen Epithelien sowie dem dazwischen liegenden hydrophilen Stroma, weshalb lipophile Substanzen gut passieren können und hydrophile sehr schlecht. Die Durchlässigkeit der Hornhaut ist dann höher, wenn Ulzerationen auftreten. Hohe Medikamentenkonzentrationen innerhalb der Orbita gelingen durch eine systemische Verabreichung und damit einen Antransport über das vaskuläre System. Die Blut-Augen-Schranke ist wesentlich durchlässiger, wenn intraokulär Entzündungsprozesse stattfinden, sodass dann Medikamente das Bulbusinnere noch besser erreichen. Nützen kann der Weg der systemischen Verabreichung auch, wenn avaskuläre Strukturen des Augen anders therapiert werden sollen (durch topische Applikation) als vaskuläre. Maggs ⁵⁰ nennt hierzu das Beispiel einer Uveitis, die mit systemischer Kortisontherapie behandelt werden kann, ohne dass es zu kortisonbedingten Wundheilungsstörungen von Kornealäsionen kommt. ⁵⁰

Daraus ergeben sich folgende Möglichkeiten:

In den Reihen der topischen Medikamente existieren Augentropfen und Augensalben, teils mit dem gleichen Wirkstoff in beiden Formen, zwischen denen es sich zu entscheiden gilt. Salben bieten ein stabiles Medium für diverse Wirkstoffe und wirken durch ihre Eigenschaften gleichzeitig pflegend. Sie können nicht so schnell durch den Tränennasenkanal abtransportiert werden, halten also länger Kontakt mit dem äußeren Auge und müssen deshalb weniger oft verabreicht werden. Ist die Besitzercompliance niedrig, kann das von Vorteil sein. Eine absolute Kontraindikation für Salben ist eine Bulbusperforation oder ein bevorstehender chirurgischer Eingriff. ⁵¹ Salben eignen sich durch den längeren Verbleib im Auge besonders gut für nachts oder bei Entropium bzw. Distichiasis. Der Besitzer muss darüber aufgeklärt werden, dass um das Auge und im Augenwinkel Ausfluss mit der Farbe der Salbe sein kann. ⁹³

Als Augentropfen eignen sich Substanzen nur, wenn sie isoton, steril sowie viskös sind und dem PH-Wert der Tränenflüssigkeit entsprechen. ⁹³ Nur nicht-ionisierte Teile biphasischer Agentien penetrieren die Kornea. ^5,13,81,89 Tropfen werden schnell eliminiert und müssen häufiger verabreicht werden (fünf Mal täglich mindestens), sind allerdings leicht anzuwenden und haben weniger Einfluss auf die Sicht. ⁹³ Durch schnelle Resorption kann es bei häufiger Applikation zu hohen Blutkonzentrationen des jeweiligen Agens kommen, weshalb beispielsweise bei Sympathomimetika Vorsicht geboten ist. ⁵¹

Soll ein Protokoll mit einer Kombination aus Salbe und Tropfen gegeben werden, so müssen beide Präparate fetthaltig sein oder aber die Tropfen zuerst und die Salbe mit einem Abstand von mindestens fünf Minuten angewendet werden. ⁹³